Seguem os passos para limpar este diretório.
Após executar o procedimento abaixo, não será possível desinstalar o service pack e algumas atualizações, tenha ciência disso.
Não devemos de maneira alguma excluir conteúdo que estão dentro deste diretório.
--> Iniciando o procedimento
- Abra o prompt de comando como administrador.
- Execute o comando: dism /online /cleanup-image /spsuperseded

Takeown /f %windir%\winsxs\ManifestCache\*
Icacls %windir%\winsxs\ManifestCache\* /GRANT administrators:F
Del /q %windir%\winsxs\ManifestCache\*
Icacls %windir%\winsxs\ManifestCache\* /GRANT administrators:F
Del /q %windir%\winsxs\ManifestCache\*
Pronto, finalizamos o procedimento. A diminuição de tamanho desse diretório pode chegar até 35%.
Fonte: http://social.technet.microsoft.com/wiki/pt-br/contents/articles/15516.sobre-o-diretorio-winsxs-e-como-limpa-lo-no-windows-server-2008-r2.aspx